よく考えればすぐ分かる話ですが、実行ファイルをファイル名だけ(Win+Rの"ファイル名を指定して実行ダイアログ"など)で呼び出せるようにするには、パスの通ったフォルダに、ショートカットないし、実行ファイルそのものを放り込めばいいのです。
パスの通ったフォルダというと、まずはWindowsフォルダとかSystemフォルダとか。いじるのがイヤな場合は、ドライブのルートフォルダの近くにでも、Shortcut and LaunchFilesなんてフォルダを作って、そこにパスを通してしまえばよいのです*1。
これはもちろん、ShellExecuteなどでほかのソフトが起動する場合もそうで、たとえばダウンロードソフトであるIrvineのショートカットを、そのフォルダに放り込んでおけば、Operaのメニューファイルに「Item, "リンク先を Irvine でダウンロード"= "Copy link & Execute program, "irvine","%c""」などという行を追加するだけでも、リンクを右クリックメニューからIrvineに送ってダウンロードさせることができます*2。Operaのメニュースクリプトはいじることが多そうですね、今回特に。INIファイル用のエディタなんか作っておくと便利そうだなあ、とくに言語ファイルの対応なんか、それがないとたぶんできないだろうし。
ただし、.NETのSystem.Diagnostics.Process.Startなんかだとどうもうまくいかないようで、そこに実行ファイルがあるならばいいけれど、ショートカットだとうまくいってくれないようです(SharpDevelopのツール登録にて)、リンク作成シェル拡張なんてソフトを使ってシンボリックリンクをそこに作るのならば、それでもいいのかもしれませんけどね。