おんぷ村のProgramming Backgroundにもありますが、わたしはUMLMemoというツールを常用しています。
わたしの書くのはクラス図と言っても、フィールドのはいる欄にコメントが書いてあったり、メソッド欄に書くのは抽象化された文章*1だけだったりするので、がっちりとしたUMLツールより、これくらいラフなものがあってます。
バージョンが0.03だとか、最終リリースが2004年だとか、ビットマップへのコンバートや印刷がおかしい(フォントサイズがめちゃくちゃになる)とか、いろいろ問題はありますが…*2。
そういえば前、学校でLinuxをさわったときに見かけたDiaと言うソフト、Windows版もあるみたいですね。
クラスがあって、メソッドがあって というようなかっちりした図しか作れない(というかそれが当たり前ですが)ようです。
このGIMPなどのような、ツールボックスとキャンバスが分割されたデザイン、あんまり好きじゃないんですが…*3、プラグインで図形を増やせるようだし、Judeよりは多方面で使えるかもしれませんね。