そういえば会社で必要になったのでちょこちょこっと書いてみました。
perl -e "use Win32::Clipboard; Win32::Clipboard()->Set(join(' ', @ARGV));"
Win32::Clipboardモジュールを使って、コマンドラインで渡した文字列をクリップボードにコピーします。ちなみに、これを使ったのはEclipse。クラスの完全名を取得できるのは外部ツールだけなようなので、外部ツールとしてこれを指定して、クラスの完全名をコピーします。
外部ツールとしてPerlを使えば、結構いろんなことができるかもしれませんね。そのためにソフト側も外部ツールからの出力を得られるような設計にすると良いんでしょうが。
