今まで知らなかったのですが、application/xhtml+xmlなページでは、JavaScriptでdocument.writeが使えないとのこと。代わりにDOMを使ってHTMLを操作する必要があるとのことです。ちょっと面倒ですが、まあ、仕方ないことか。
ただ、今それに対応している公開スクリプトなどはあまりにも少ない。Script.aculo.usや、GoogleAdsense、はてなカウンターなどのスクリプトは、全部document.writeを使っています。
Script.aculo.usはまだ、ダウンロード後にいじれば良いだけですが、他の二つはそうはいきませんからね。残念ながらXHTML1.1は断念することになりそうです。